Le classement a été effectué en plusieurs fois et fait coexister des niveaux de description inégaux.
La première partie (dossiers artistiques et administratifs – 2002 1 0001-1223) a été traitée (classement et description) en 2007 notamment par Catherine Jakubowski. Sont conservées dans cette partie les pièces écrites des chantiers exécutés (esquisses, croquis, correspondance, plans, devis, factures) ainsi que les maquettes (dessins au crayon et aquarellé). Les initiales P.B. Et A.H.S. Indiquent qui (Paul Bony ou Adeline Hébert-Stevens) a réalisé l’œuvre.
La seconde partie (plaques de verre - 2002 1 1224-6760) a été traitée par Félix Bouchon, étudiant en Master 2 « Archives des XXè et XXIè siècles » à l’université de Dijon de février à juin 2011, sous la direction de Marie Bouquet, chargée d’études documentaires. La description et la cotation a été effectuée à la pièce (la plaque de verre), permettant ainsi de réaliser une numérisation d’environ 200 plaques, représentatives de l’ensemble des projets.
Si l'ensemble des documents couvre une période allant de 1937 à 1986, les seules photographies sur plaques de verre couvrent une période légèrement différente, allant de 1925 à 1978. Elles n'illustrent aucun des travaux de Jacques Bony et portent essentiellement sur la période pendant laquelle l'atelier était sous la direction de Paul Bony et Adeline Hébert-Stevens même si quelques plaques (les plus anciennes) concernent les travaux de Jean Hébert-Stevens et de sa femme, Pauline Peugniez.
L'ordre de classement retenu pour les plaques photographiques s'inspire de l'ordre choisi pour le classement des documents papiers (1e partie).
Les plaques photographiques sont classées selon l'édifice représenté ou, dans le cas de représentations de réalisations encore dans l'atelier, selon le bâtiment destiné à les accueillir. Ce classement se fait par département pour la France (à la date inscrite sur la boîte de plaques d'origine, ce qui fait qu'une photographie d'un édifice du Val-de-Marne ou des Yvelines prise avant 1968 sera classée dans le département de la Seine aujourd'hui disparu) et par pays pour les bâtiments situés à l'étranger. Par la suite, viennent les photographies de mobilier liturgique puis d’œuvres exposées.
Les dates données pour les plaques de verre étaient celles inscrites sur les boîtes d'origine et correspondent plus vraisemblablement à la date de réalisation des projets qu'à la date de la prise de vue. Ces photographies ont sans doute été prises pour l'essentiel par les maîtres-verriers eux-mêmes. En effet, les vitraux représentés le sont presque tous dans un atelier, devant un grand drap tendu. Ils sont donc achevés mais pas encore montés et n'ont pas encore quitté l'atelier parisien. Il existe cependant des vues de vitraux en place dans les édifices essentiellement pour les projets les plus anciens (du temps de Jean Hébert-Stevens et de Pauline Peugniez) ou ceux qui se sont le plus étalés dans le temps.
La très grande majorité de ces plaques consiste en photographies au gélatinobromure d'argent, en négatifs noir et blanc et en vues d’œuvres achevées mais encore dans l'atelier. Dans le bordereau numérique, ne sont donc données que les indications qui ne correspondent pas à cette majorité (par exemple, s'il s'agit de positifs ou encore si l’œuvre représentée est vue en place). Il existe toutefois quelques positifs noir et blanc et couleur. Les rares positifs couleur semblent tous être des photographies sur support souple protégées par deux plaques de verre vierges collées entre elles par du papier adhésif.
Les plaques de verre étaient conditionnées dans leurs boîtes d'origine, de celles qu'on trouve dans le commerce. Elles ont été reconditionnées dans des boîtes neutres adaptées à leur conservation et placées dans des pochettes sur lesquelles la cote a été portée. Un échantillon représentatif des œuvres de l'atelier visibles sur les photographies a été numérisé. Cet échantillon se compose d'une œuvre par édifice situé en France ou à l'étranger (soit un total de 211 plaques numérisées).
La troisième partie (négatifs et positifs souples - 2002 1 6761-6880) a été traitée par Marie Bouquet, chargée d’études documentaires en août 2011.
La description et la cotation a été faite à l’album de négatifs ou de positifs (une cote comprend plusieurs négatifs ou positifs, rassemblés par projet).
Le travail de recherche antérieur au classement a été beaucoup moins affiné que dans le cas des plaques de verre, ce qui justifie des analyses parfois imprécises, correspondant souvent aux indications indiquées par M. Hébert-Stevens lui-même sur les boîtes de conditionnement. Le classement est calqué sur celui des plaques de verre (voir ci-dessus). Les dates indiquées, reprises de celles mentionnées sur les boîtes par M. Hébert-Stevens, correspondent plus généralement aux dates de prises de vue et non aux dates de réalisations des ouvrages.
Deux boîtes d’archives composent la dernière partie (2002 1 6881-6882) : il s’agit d’un ensemble de petites boîtes ayant contenu les plaques de verre, conservées à titre d’échantillons et de témoignage sur le commerce de ce type de produits.
