Créé en 1944, le Syndicat national de l'enseignement secondaire (SNES) est une émanation syndicale d'enseignants, au sein de la Confédération générale du Travail (CGT). Refusant la scission de 1948 provoquée dans la CGT par la tendance FORCE OUVRIERE, le SNES opte pour l'autonomie et constitue, avec d'autres syndicats professionnels de l'Éducation nationale, la FEN Autonome (Fédération de l'Éducation nationale) permettant de ne pas choisir entre la CGT et la CGT-Fa. Après fusion avec le Syndicat national des collèges modernes (SNCM), le SNES devient, en 1949, le SNES « classique et moderne ».
Dans les années 1950-1960, le SNES et le Syndicat national de l'enseignement technique (SNET), vont se retrouver dans les combats de leur fédération organisée en tendances: reclassement et revalorisation de grilles salariales, laïcité, mobilisation contre la guerre d'Algérie et développement des enseignements du second degré.
En 1966, le SNES et le SNET se rassemblent pour constituer le Syndicat national des enseignements du second degré « classique, moderne et technique ». La direction bicéphale composée de Louis Astre (ex SNET) et André Mondot (ex SNES) ne résiste pas à une progression considérable de la minorité Unité et Action (UA), issue du courant « cégétiste ». En 1967, André Drubay, représentant cette tendance, est élu secrétaire général.
Le SNES s'éloigne alors de la ligne définie par la majorité autonome de la FEN, rebaptisée en 1971 Unité Indépendance et Démocratie (UID). S'appuyant sur le Syndicat national de l'éducation physique, (SNEP), il prend la tête de l'opposition interne, qui va recouper le clivage politique entre communistes UA et socialistes UID. Dans les années 1970-1980, le SNES défend la démocratisation de l'enseignement secondaire, la diversification des voies de formation et la nécessité de moyens financiers. Il est le premier syndicat de cette importance à désigner à sa tête une femme, Monique Vuaillat : militante depuis 1968, elle entre à la direction nationale en 1971, est élue secrétaire générale en 1984, poste qu'elle conservera jusqu'en 1999.
Impulsant une forte mobilisation, le SNES obtient partiellement gain de cause pour la revalorisation de la fonction enseignante, à la fin des années 1980, sous le mandat de Lionel Jospin, ministre de l'éducation. Après trois ans de crise interne, scissions et tentatives de fusions, l'exclusion du SNES et du SNEP, au sein de la FEN, amène la création de la Fédération syndicale unitaire (FSU). Ce regroupement de tous les minoritaires, exclus ou non de la FEN, constitue en décembre 1993, une nouvelle fédération de l'Éducation nationale qui prend la première place. Le SNES voit alors ses effectifs grimper, et à partir de 1997, est aux prises avec le ministre de l'éducation nationale Claude Allègre, contraint à démission.
Monique Vuaillat propose de transformer en 1999 la direction du SNES en secrétariat collectif, dont elle fait partie dans un premier temps. Elle est ensuite élue co-secrétaire générale de la FSU. Le SNES, engagé dans la lutte contre la réforme des retraites et contre la décentralisation en 2003, s'exprimera aussi contre la loi d'orientation de l'éducation nationale de François Fillon.
Le SNES est dirigé par un secrétariat général, assisté d'un secrétariat national. Les deux instances délibératives nationales sont le Bureau national et la Commission administrative nationale, au sein de laquelle quatre tendances sont représentées: Unité et Action, largement majoritaire, École émancipée, Pour la reconquête d'un syndicalisme indépendant et Émancipation.
La structure nationale du SNES est appelée S4. Elle comporte le secrétariat et les instances délibératives, plus de nombreux militants qui constituent les « secteurs » du syndicat. Dans chaque académie se trouve une section académique (S3) et dans chaque département une section départementale (S2), aux structures calquées sur la structure nationale. Dans chaque établissement ou les adhérents sont assez nombreux se trouve une section d'établissement (S1) qui fonctionne de façon autonome.
